Главна Дирекция ККРД – Контрол и координация на развъдната дейност“

• отдел СЗРЦККРД – „Северозападен регионален център по контрол и координация на развъдната дейност“, гр. Враца
• отдел СЦРЦККРД – „Северен централен регионален център по контрол и координация на развъдната дейност“, гр. Русе
• отдел СИРЦККРД – „Североизточен регионален център по контрол и координация на развъдната дейност“, гр. Аксаково
• отдел ЮРЦККРД – „Южен регионален център по контрол и координация на развъдната дейност“, гр. Смолян
• отдел ЮЦРЦККРД – „Южен централен регионален център по контрол и координация на развъдната дейност“, гр. Пловдив
• отдел ЮИРЦККРД – „Югоизточен регионален център по контрол и координация на развъдната дейност“, гр. Стара Загора

Главна Дирекция УГРРП – „Управление на генетичните ресурси и репродуктивния процес“

• отдел ЗЦРА – „Западен център по репродукция и анализ“, гр. София
• отдел ИЦРА – „Източен център по репродукция и анализ“, гр. Сливен

Дирекция АПФСИО – „Административно, правно, финансово, счетоводно и информационно обслужване“